Développement et recherche en génétique et caractérisation

 

Les divers segments de la filière équine sont conscients de l’importance de mettre en place des outils permettant de caractériser de façon objective les équidés. L’Ifce leur apporte son soutien et son expertise afin de créer, développer, améliorer et diffuser ces outils. Ces outils doivent permettre de sélectionner les poulains, d’orienter le plus précocement possible leur carrière et de sécuriser les ventes.


Comment passer d’une évaluation « synthétique » de l’aptitude au saut d’obstacle (performance et indice génétique) à une caractérisation fine (composantes de la performance et génomique) ?

Ce projet dirigé par Anne Ricard porte sur la génomique du cheval de CSO et a été financé par le fonds éperon et le conseil scientifique de la filière équine. Il a pour ambition de génotyper 2 000 jeunes performers grâce aux puces SNP. Ces résultats seront analysés en parallèles des informations objectives collectées sur ces 2000 chevaux (morphométrie, accélérométrie et résultats en compétition). La collecte est orchestrée par Bernard Dumont Saint Priest avec le soutien logistique de 6 agents de l’Ifce. L’objectif est d’aboutir à une caractérisation plus fine du cheval de CSO. Les professionnels disposeront d’informations sur les caractéristiques de morphologie et d’allures ainsi que d’outils plus fiables pour raisonner les accouplements et orienter précocement les chevaux.

Caractérisation par la technique de morphométrie 3D

Caractérisation de la morphologie d’un cheval de sport par la technique de la morphométrie 3D (c) Ifce

Ce projet est financé par :

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Pour en savoir plus, lisez les documents et lettres d’informations ci-dessous :

Vérifier l’effet du gène DMRT3 et trouver les autres marqueurs ADN influençant les performances en course du Trotteur français.

Ce projet mené par Anne Ricard en collaboration étroite avec la SECF a été financé par le fonds éperon et le conseil scientifique de la filière équine. Suite à la découverte d’un gène majeur (DMRT3) par des scientifiques suédois, un test moléculaire est maintenant commercialisé en France. Ce projet cherche à comprendre plus finement les particularités du trotteur français en lien avec le DMRT3 et d’éventuels autres marqueurs. Le génotypage de 600 trotteurs français ainsi que l’analyse détaillée de leurs allures et des réponses à un questionnaire sur l’entraînement du cheval sont prévus pour mieux comprendre les mécanismes en cause dans la réussite en course.

REC_GenOtrot

crédit photo : J.L.Lamaère/LeTrot

Ce projet est financé par :

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Centres de ressources biologiques pour les animaux domestiques

Logo CRB animCe projet a été financé par l’Agence Nationale pour la Recherche dans le cadre des investissements d’avenir. Il vise à mettre en réseau des Centres de Ressources Biologiques pour les animaux domestiques. Les équidés font partie des 22 espèces impliquées afin de lever les verrous technologiques de la congélation de l’embryon équin et de la semence de baudet. La validation des travaux sur la congélation de l’embryon sont menés par Maud Caillaud de la jumenterie du Pin avant transfert sur le terrain. Il va également permettre d’enrichir les collections dans la Cryobanque équidés afin de disposer d’un réservoir de biodiversité. Ce travail sur les collections est traité par Margot Sabbagh grâce aux outils de gestion de la variabilité génétique développés par l’Ifce/INRA.

Cuve de cryobanque

Cuve de 1000 litres d’azote accueillant la Cryobanque Equidés à la jumenterie du Pin

Ce projet est financé par :

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SPORT-TABEA SCHROER dressage poney SaumurAujourd’hui avec la spécialisation des élevages et du circuit de compétition, les poneys sont l’équivalent des chevaux pour les enfants. Avec plus de plus de 200 étalons pour produire en Poney Français de Selle, sur le marché en 2015, le choix des reproducteurs est tout aussi complexe pour un éleveur de poneys qu’un éleveur de chevaux. L’utilisation de jeunes reproducteurs non encore testés en compétition pose le problème de l’estimation de leur valeur génétique potentielle en l’absence d’une quantité suffisante de performances propres, ou de produits testés en conditions sportives.
L’objectif du projet porté par l’Association Nationale du Poney Français de Selle, en collaboration avec l’IFCE, est de mettre en place le calcul d’un indice génétique en saut d’obstacle pour tous les poneys ayant une ascendance connue et enregistrée dans SIRE; ces derniers représentant des potentiels reproducteurs Poneys Français de Selle ou facteurs Poney Français de Selle. Cet indice permettra aux éleveurs de s’appuyer sur un outil apportant une information objective et fiable sur la valeur génétique des reproducteurs. La sélection orientée vers des poneys de sport sera ainsi facilitée.
Cet indice permettra en outre à l’Association Nationale du Poney Français de Selle, et plus largement à l’ensemble des associations utilisant de la génétique en vue d’une production sportive, de bénéficier d’un levier de progrès génétique et de diffusion et renforcement de leur politique de sélection et d’amélioration de la race.

DIFF logo LifeSLifeS : à la recherche d’indicateurs précoces de longévité sportive

Conscient de l’importance de la responsabilité de l’homme vis-à-vis du bien-être des chevaux de sport, le Stud-Book Selle Français (SBSF) a placé le critère de longévité parmi les priorités du programme d’élevage. Le projet LifeS poursuit donc cet objectif : détecter des critères précoces, génétiquement liés à la longévité fonctionnelle du cheval de sport.

Ce projet repose sur l’utilisation d’indices génétiques de longévité sportive fonctionnelle (corrigée pour le niveau de performance) calculés à partir des données des compétitions équestres (1985-2016). La pré-étude menée en 2017 a permis de dégager deux groupes d’une vingtaine d’étalons : un groupe d’étalons produisant des chevaux ayant une forte longévité vs des chevaux ayant une faible longévité.

Le protocole final consiste à effectuer des mesures sur 2 groupes de 500 jeunes chevaux de 3 ans, issus de ces deux groupes d’étalons pré-identifiés. Un nombre important de caractères potentiellement liés à la longévité seront ainsi observés puis analysés chez ces jeunes chevaux : la conformation (morphologie, état général, aplombs), la locomotion, le comportement (tempérament, relation à l’humain, sensibilité tactile et sensibilité au stress), la santé (immunité, inflammation, stress oxydant et Inaptitudes physiologiques à l’effort). Toutes ces mesures seront réalisées sur les sites d’élevage sur lesquels se déplacera l’équipe de phénotypage ; c’est dans ce cadre que les éleveurs seront sollicités dès l’automne 2018.

En outre, ce projet fournira aux éleveurs des chevaux mesurés des indicateurs précoces de santé et d’aptitudes leur permettant éventuellement d’adapter leurs carrières sportives. A terme, les éleveurs disposeront d’indications sur les aptitudes de leurs animaux à produire des chevaux à longévité longue/courte. L’utilisation de ces évaluations dans le schéma de sélection est bien entendu laissée au libre arbitre des organismes de sélection mais pourra engendrer, pour la première fois, une réelle amélioration de ce caractère au sein de la population des chevaux de sport. Dans le contexte du nouveau règlement zootechnique européen, posséder un tel outil pourra constituer un véritable atout pour l’élevage Français !

DIFF LifeS

Ce projet est financé par :

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Pour les chevaux de sport et les trotteurs des indices de performance et génétiques sont calculés depuis plus de 30 ans. Pour les poneys et chevaux de courses plates ou d’obstacles (sauf Pur Sang) seuls des indices de performance sont calculés. L’intégralité de ces données est en libre accès sur internet.

Indices de performance

Indices de performance diffusés pour les chevaux de sport

Pour les chevaux Ardennais, Comtois, Cob normand, Anglo-arabe et les poneys Haflinger, des indices génétiques sont calculés pour caractériser le modèle et les allures. Les données valorisées sont celles des pointages collectées lors de rassemblements. Elles sont valorisées dans les catalogues étalons des différentes races concernées.

Indices génétiques

Extrait du catalogue des étalons Ardennais présentant les indices génétiques

 

Divers outils de gestion de la diversité génétique sont mis à jour annuellement. Ils permettent de connaitre la consanguinité de tous les individus identifiés, leur composition en ancêtres majeurs et leur composition raciale. Ces outils devraient permettre de mieux raisonner les accouplements afin de ne pas réduire la diversité génétique des races. Ces outils sont d’ores et déjà utilisés par les stud-books les plus menacés.

outil agrément d'étalons

Outils utilisés par le Stud-Book Cob normand lors des agréments étalons

D’autre part, un outil de simulation est disponible, il donne le coefficient de consanguinité d’un produit fictif dès lors que l’on a précisé son père et sa mère potentiels.

Exemple de simulation de croisement

Copie d’écran de l’outil « simulation de croisement » disponible sur le site internet de l’IFCE

Ce projet a été financé par :
Logo CASDAR

 

 

 

 

Pour la génétique diverses étapes sont mises en œuvre. Dans tous les cas, il est indispensable de travailler sur des animaux identifiés et de généalogies connues ; l’ensemble de ces informations sont consolidées dans la base de données SIRE.
Concernant les outils de gestion de la variabilité génétique, ils sont produits grâce aux informations de SIRE, ce travail est réalisé derrière un bureau !
Pour l’indexation et les études génomiques, il est indispensable de disposer d’informations collectées sur le terrain (terrains de concours, de course, rassemblements d’élevage …). Elles doivent être enregistrées avec rigueur et de façon homogène.

Séance de pointage

Séance de pointage sur un cheval de trait

Les calculs se font grâce aux ordinateurs très puissants de l’INRA de Jouy-en-Josas et des échanges ont lieu avec les responsables de stud-books concernés.

L’Ifce fait partie du Groupement d’Intérêt Scientifique (GIS) Cryobanque Nationale créé en 1999. Il est constitué de 12 partenaires dont l’Ifce et regroupe 13 espèces dont les chevaux et les ânes.

Cryobanque

Cuves de 1000 litres d’azote accueillant la Cryobanque Equidés à la jumenterie du Pin

Sa vocation est la conservation des ressources génétiques de ces espèces afin de pérenniser la diversité génétique de nos populations françaises d’animaux domestiques, leur variabilité et leurs éventuelles originalités. Elle peut s’avérer un réservoir très utile en cas de disparition brutale d’une race pour des raisons non maîtrisables (problèmes sanitaires, …)
Pour chaque espèce le matériel génétique est stocké parallèlement sur deux sites géographiquement éloignés afin de réduire les risques. Le site primaire situé à Alfort étant commun à toutes les espèces. Pour les équidés, le site secondaire est confié à l’Ifce, à la jumenterie du Pin (61).
Aujourd’hui, les stocks sont constitués uniquement de paillettes de semences d’étalons et une cuve de 1 000 litres d’azote liquide accueille plus de 7000 doses.

Retrouvez les principaux résultats de ces projets de développement et de recherche, dans lesquels l’Ifce est partie prenante, sous formes de fiches pratiques et de posters « message clés » sur équi-paedia.

équi-paedia  Posters messages clés

Pour en savoir plus sur cette thématique consultez :
– les fiches équipaedia
– le portail documentaire Médiathèque Ifce
– les articles équ’idée

Découvrez également à la librairie :
– l’ouvrage « Amélioration génétique des équidés »
et d’autres produits sur cette thématique