Développement et recherche en génétique et caractérisation

 

Les divers segments de la filière équine sont conscients de l’importance de mettre en place des outils permettant de caractériser de façon objective les équidés. L’Ifce leur apporte son soutien et son expertise afin de créer, développer, améliorer et diffuser ces outils. Ces outils doivent permettre de sélectionner les poulains, d’orienter le plus précocement possible leur carrière et de sécuriser les ventes.


Comment passer d’une évaluation « synthétique » de l’aptitude au saut d’obstacle (performance et indice génétique) à une caractérisation fine (composantes de la performance et génomique) ?

Caractérisation par la technique de morphométrie 3D

Caractérisation de la morphologie d’un cheval de sport par la technique de la morphométrie 3D (c) Ifce

Ce projet dirigé par Anne Ricard porte sur la génomique du cheval de CSO et a été financé par le fonds éperon et le conseil scientifique de la filière équine. Il a pour ambition de génotyper 2 000 jeunes performers grâce aux puces SNP. Ces résultats seront analysés en parallèles des informations objectives collectées sur ces 2000 chevaux (morphométrie, accélérométrie et résultats en compétition). La collecte est orchestrée par Bernard Dumont Saint Priest avec le soutien logistique de 6 agents de l’Ifce. L’objectif est d’aboutir à une caractérisation plus fine du cheval de CSO. Les professionnels disposeront d’informations sur les caractéristiques de morphologie et d’allures ainsi que d’outils plus fiables pour raisonner les accouplements et orienter précocement les chevaux.

 

Ce projet est financé par :

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Pour en savoir plus, lisez les documents et lettres d’informations ci-dessous :

Vérifier l’effet du gène DMRT3 et trouver les autres marqueurs ADN influençant les performances en course du Trotteur français.

REC_GenOtrot

crédit photo : J.L.Lamaère/LeTrot

Ce projet mené par Anne Ricard en collaboration étroite avec la SECF a été financé par le fonds éperon et le conseil scientifique de la filière équine. Suite à la découverte d’un gène majeur (DMRT3) par des scientifiques suédois, un test moléculaire est maintenant commercialisé en France. Ce projet cherche à comprendre plus finement les particularités du trotteur français en lien avec le DMRT3 et d’éventuels autres marqueurs. Le génotypage de 600 trotteurs français ainsi que l’analyse détaillée de leurs allures et des réponses à un questionnaire sur l’entraînement du cheval sont prévus pour mieux comprendre les mécanismes en cause dans la réussite en course.

Ce projet est financé par :

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Centres de ressources biologiques pour les animaux domestiques

Logo CRB anim

Ce projet, financé par l’Agence Nationale pour la Recherche dans le cadre des investissements d’avenir, vise à mettre en réseau des Centres de Ressources Biologiques pour les animaux domestiques. Vingt-deux espèces sont inclus dans le projet dont les équidés. Pour cette espèce, 2 sous projets sont financés:

  • Lever les verrous technologiques de la congélation de l’embryon équin et de la semence de baudet. La validation des travaux sur la congélation de l’embryon sont menés par Maud Caillaud de la jumenterie du Pin avant transfert sur le terrain.
  • Augmenter les collection des races à petits effectifs pour enrichir les collections dans la Cryobanque équidés afin de disposer d’un réservoir de biodiversité. Ce travail sur les collections est traité par Margot Sabbagh grâce aux outils de gestion de la variabilité génétique développés par l’Ifce et l’Inra. Dans un premier temps les collections ont augmenté grâce à la collecte d’étalons de races menacées, puis dans un second temps grâce à la congélation d’embryons de ces même races afin de pouvoir conserver en même temps la voie mâle et la voie femelle.

Cuve de cryobanque

Cuve de 1000 litres d’azote accueillant la Cryobanque Equidés à la jumenterie du Pin

Ce projet est financé par :

Logo investissement d'avenirLogo ANR

 

 

 

 

 

 

 

 

 

DIFF logo LifeSLifeS : à la recherche d’indicateurs précoces de longévité sportive

Conscient de l’importance de la responsabilité de l’homme vis-à-vis du bien-être des chevaux de sport, le Stud-Book Selle Français (SBSF) a placé le critère de longévité parmi les priorités du programme d’élevage. Le projet LifeS poursuit donc cet objectif : détecter des critères précoces, génétiquement liés à la longévité fonctionnelle du cheval de sport.

DIFF LifeS

Ce projet repose sur l’utilisation d’indices génétiques de longévité sportive fonctionnelle (corrigée pour le niveau de performance) calculés à partir des données des compétitions équestres (1985-2016). La pré-étude menée en 2017 a permis de dégager deux groupes d’une vingtaine d’étalons : un groupe d’étalons produisant des chevaux ayant une forte longévité sportive vs des chevaux ayant une faible longévité sportive.

Le protocole consiste à effectuer des mesures sur 2 groupes de 500 jeunes chevaux de 3 ans, issus de ces deux groupes d’étalons pré-identifiés. Un nombre important de caractères potentiellement liés à la longévité sont ainsi observés puis analysés chez ces jeunes chevaux :

  • la conformation :morphologie, état général, aplombs,
  • la locomotion,
  • le comportement : tempérament, relation à l’humain, sensibilité tactile et sensibilité au stress,
  • la santé : immunité, inflammation, stress oxydant et Inaptitudes physiologiques à l’effort.

Toutes ces mesures sont réalisées sur les sites d’élevage sur lesquels se déplacera l’équipe de phénotypage.

En outre, ce projet fournira aux éleveurs des chevaux mesurés des indicateurs précoces de santé et d’aptitudes leur permettant éventuellement d’adapter leurs carrières sportives. A terme, les éleveurs disposeront d’indications sur les aptitudes de leurs animaux à produire des chevaux à longévité longue/courte. L’utilisation de ces évaluations dans le schéma de sélection est bien entendu laissée au libre arbitre des organismes de sélection mais pourra engendrer, pour la première fois, une réelle amélioration de ce caractère au sein de la population des chevaux de sport. Dans le contexte du nouveau règlement zootechnique européen, posséder un tel outil pourra constituer un véritable atout pour l’élevage Français !

Ce projet est financé par :

Logo ifce-Vertical_Simple_QuadriREC-Logo INRA 2015

Pour tout comprendre sur les indices

Les indices de performances et génétique ne sont pas toujours faciles à s’approprier. Pour aider la filière, la chaîne des chevaux de sports intègre un programme de « valorisation » qui produit, pour le CSO, en plus des indices de performances et indices génétiques, un certain nombre de statistiques permettant de décrire la population évaluée :

  • nombre de chevaux par discipline une année donnée,
  • nombre de chevaux par catégorie (mâles et hongres, femelles) et par classe d’âge,
  • nombre d’épreuves par cheval
  • etc.

Outre les statistiques sur performances, les principaux effets d’environnement (sexe et âge) sont aussi disponibles en sortie, ainsi qu’une description détaillée des indices de performances (ISO) et des indices génétiques (BSO) en fonction de différents critères (ex : ISO moyen en fonction de l’âge et du circuit ; progrès génétique estimé sur le BSO, composition raciale de la population de référence etc…).

Retrouvez pour le CSO :

L’objectif du projet Equid’Valo est de pouvoir fournir aux différentes filières (CCE, Dressage et poneys) le même types d’outils que ceux mis en place pour le CSO. Ces nouvelles valorisations permettront une meilleure visibilité des résultats et en faciliteront l’appropriation des différents indices.

Un projet collaboratif  entre :

Institut français du cheval et de l'équitation

 

 

 

 

Un indice génétique de Morphologie et d’Allures pour les Selle-Français

Mis en place depuis de nombreuses années, les concours de Modèles et Allures s’appuient sur des grilles de jugement de plus en plus détaillées. Le stud-book Selle Français a demandé une analyse des données collectées depuis 2005 sur les jeunes chevaux de 2 et 3 ans afin de pouvoir déboucher sur la mise en place d’un indice génétique de morphologie et d’allures pour les reproducteurs.

Ce nouvel outil permettra aux éleveurs de mieux appréhender les caractères morphologique lors du raisonnement de leur croisement. Il complétera la gamme d’outils génétiques déjà mis en place chez les chevaux de sport notamment avec les indices génétiques en CSO, CCE et Dressage. De plus, cet outil devrait initier la mise en place d’autres potentiels indices génétiques, par exemple liés à la morphologie des foals.

(c) Margot Sabbagh

Génomique de la taille des poneys

Les éleveurs de poneys, et notamment ceux produisant en poney français de selle, utilisent de plus en plus souvent le croisement des ascendants chevaux. Cette pratique présente le risque de produire parfois des poneys « hors taille » (plus de 1m49). Le projet Pon-Tail-Gen cherche à mettre au point un test moléculaire qui permettra de prédire si tel reproducteur produira une majorité de poulains grands, une majorité de poulains petits ou de manière aléatoire des petits et des grands. »

 

 

 



Pour les chevaux de sport (disciplines olympiques et raid endurance), les trotteurs et les poneys en saut d’obstacle des indices de performance et génétiques sont calculés. Pour les poneys (CCE et dressage) ainsi que les chevaux de courses plates ou d’obstacles (sauf Pur Sang) seuls des indices de performance sont calculés.

L’intégralité de ces données est en libre accès sur internet.

Exemple d’indices disponibles (cliquer pour agrandir)

Indices génétiques

Extrait du catalogue des étalons Ardennais présentant les indices génétiques

Pour les chevaux Ardennais, Comtois, Cob normand, Anglo-arabe et les poneys Haflinger, des indices génétiques sont calculés pour caractériser le modèle et les allures.

 

Les données valorisées sont celles des pointages collectées lors de rassemblements.

Elles sont valorisées dans les catalogues étalons des différentes races concernées.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Composition en ancêtres majeurs de Chef de Moyon, étalon Cob Normand – Cliquer pour agrandir

Divers outils de gestion de la diversité génétique sont mis à jour annuellement. Ils permettent de connaitre la consanguinité de tous les individus identifiés, leur composition en ancêtres majeurs et leur composition raciale.

Ces outils devraient permettre de mieux raisonner les accouplements afin de ne pas réduire la diversité génétique des races.

L’intégralité de ces données est en libre accès sur Info chevaux.

 

 

 

 

 

 

 

D’autre part, un outil de simulation est disponible. Il donne, pour un produit fictif, le coefficient de consanguinité ainsi que sa race potentielle dès lors que l’on a précisé son père et sa mère potentiels.

Cliquer pour agrandir

 

Ce projet a été financé par :
Logo CASDAR

 

 

 

 

 

 

 

 

Aujourd’hui, les poneys sont l’équivalent des chevaux pour les enfants. Avec plus de plus de 200 étalons pour produire en Poney Français de Selle, sur le marché en 2015, le choix des reproducteurs est tout aussi complexe pour un éleveur de poneys qu’un éleveur de chevaux. L’utilisation de jeunes reproducteurs non encore testés en compétition pose le problème de l’estimation de leur valeur génétique potentielle en l’absence d’une quantité suffisante de performances propres, ou de produits testés en conditions sportives.

(c) M. Sabbagh-Ifce

L’objectif du projet porté par l’Association Nationale du Poney Français de Selle, en collaboration avec l’IFCE, était de mettre en place le calcul d’un indice génétique en saut d’obstacle pour tous les poneys ayant une ascendance connue et enregistrée dans SIRE; ces derniers représentant des potentiels reproducteurs Poneys Français de Selle ou facteurs Poney Français de Selle. Cet indice permet aux éleveurs de s’appuyer sur un outil apportant une information objective et fiable sur la valeur génétique des reproducteurs. La sélection orientée vers des poneys de sport est ainsi facilitée.
Cet indice permet en outre à l’Association Nationale du Poney Français de Selle, et plus largement à l’ensemble des associations utilisant de la génétique en vue d’une production sportive, de bénéficier d’un levier de progrès génétique et de diffusion et renforcement de leur politique de sélection et d’amélioration de la race.

Publié, pour la première fois en mars 2019, ce nouvel outil (en libre accès dans info chevaux) a très bien été accueilli par les éleveurs et les étalonniers qui se le sont rapidement approprié.

Quels que soit les travaux menés, il est indispensable d’avoir accès aux généalogies des animaux. En France, elles sont enregistrées dans la base de données SIRE et servent de base aux travaux génétique et génomique.

Séance de pointage

Séance de pointage sur un cheval de trait

Pour l’indexation et les études génomiques, il est indispensable de disposer d’informations collectées sur le terrain (terrains de concours, de course, rassemblements d’élevage …). Ces informations doivent être enregistrées avec rigueur et de façon homogène. Les données de terrains peuvent provenir de plusieurs sources : sociétés mères, FFE, stud-book, laboratoires, … La collecte d’informations peut être automatisées pour des calculs en routine (ex: résultats sportifs) ou prendre beaucoup plus de temps lors de collectes pour des programmes de recherche (ex: relevés morphométriques pour le projet SoGen).

Pour la diversité génétique, l’ensemble des calculs fait abstraction des données de terrains. Il s’agit donc d’une partie « bureau »

Les calculs se font grâce aux ordinateurs très puissants de l’INRA et l’IDELE et des échanges ont lieu avec les responsables de stud-books concernés.

L’Ifce fait partie du Groupement d’Intérêt Scientifique (GIS) Cryobanque Nationale créé en 1999. Il est constitué de 12 partenaires dont l’Ifce et regroupe 13 espèces dont les chevaux et les ânes.

Cryobanque

Cuves de 1000 litres d’azote accueillant la Cryobanque Equidés à la jumenterie du Pin

Sa vocation est la conservation des ressources génétiques de ces espèces afin de pérenniser la diversité génétique de nos populations françaises d’animaux domestiques, leur variabilité et leurs éventuelles originalités. Elle peut s’avérer un réservoir très utile en cas de disparition brutale d’une race pour des raisons non maîtrisables (problèmes sanitaires, …)
Pour chaque espèce le matériel génétique est stocké parallèlement sur deux sites géographiquement éloignés afin de réduire les risques. Le site primaire situé à Alfort étant commun à toutes les espèces. Pour les équidés, le site secondaire est confié à l’Ifce, à la jumenterie du Pin (61).
Aujourd’hui, les stocks, conservés dans une cuve d’azote de 1 000 L, sont constitués de paillettes de semences d’étalons (plus de 7 500 doses) et d’embryons.

Retrouvez les principaux résultats de ces projets de développement et de recherche, dans lesquels l’Ifce est partie prenante, sous formes de fiches pratiques et de posters « message clés » sur équi-paedia.

équipédia  Posters messages clés

Pour en savoir plus sur cette thématique consultez :
– les fiches équipédia
– le portail documentaire Médiathèque Ifce
– les articles équ’idée

Découvrez également à la librairie :
– l’ouvrage « Amélioration génétique des équidés »
et d’autres produits sur cette thématique