Développement et recherche en génétique et caractérisation

 

Les divers segments de la filière équine sont conscients de l’importance de mettre en place des outils permettant de caractériser de façon objective les équidés. L’Ifce leur apporte son soutien et son expertise afin de créer, développer, améliorer et diffuser ces outils. Ces outils doivent permettre de sélectionner les poulains, d’orienter le plus précocement possible leur carrière et de sécuriser les ventes.

L’équipe de recherche en « génétique et caractérisation » est constituée d’un ingénieur de recherche et de trois ingénieurs de développement.
Ils travaillent en étroite collaboration avec les généticiens de l’INRA et les représentants socioprofessionnels.

Anne Ricard

Anne Ricard-(c) P. Deschamp

Anne Ricard est ingénieur de recherche et titulaire d’une HDR*. Elle travaille pour l’Ifce au sein de l’unité « génétique animale et biologie intégrative » de l’INRA de Toulouse. Spécialiste de la génétique des équidés en France, ses travaux scientifiques sont reconnus dans le monde entier. Elle s’adapte aux avancées technologiques et ses derniers travaux portent sur la génomique des chevaux de sport (en particulier le CSO) et de courses (en particulier les trotteurs français).

*Habilitation à diriger les recherches

Margot Sabbagh

Margot Sabbagh

Margot Sabbagh est ingénieur de développement. En collaboration étroite avec Anne Ricard, elle assure le déploiement des résultats de la recherche. Elle participe aux travaux d’indexation (sport, course et traits) et de gestion de la variabilité génétique. Elle assure également l’animation de l’observatoire des anomalies génétiques équines.

Bernard Dumont Saint Priest

Bernard Dumont Saint Priest

Bernard Dumont Saint Priest, ingénieur de développement, coordonne le phénotypage de nouveaux caractères, étape indispensable à toute évaluation génétique et notamment au développement de la génomique. Il anime un réseau d’une quarantaine d’agents Ifce en territoire susceptibles de collecter de nouvelles informations (morphométrie, accélérométrie, tempérament, …)

Sophie Danvy

Sophie Danvy

Sophie Danvy responsable du département développement assure le lien avec la filière concernant génétique et caractérisation. En collaboration étroite avec la direction « appui à la filière et stratégie », elle contribue à la maturation des projets et au développement des nouveaux outils.

Les ingénieurs de recherche sont tous titulaires d’un doctorat. Ils ont pour mission de proposer et de réaliser des projets de recherche dans le but de répondre aux besoins exprimés par la filière dans leur thématique.
Les ingénieurs de développement ont pour mission de :

  • recueillir les besoins exprimés par la filière équine pour les traduire en questions de recherche,
  • vulgariser et diffuser les résultats obtenus vers tous les acteurs de la filière équine et vers le grand public,
  • participer au développement des innovations en vue de leur appropriation par les utilisateurs.


Comment passer d’une évaluation « synthétique » de l’aptitude au saut d’obstacle (performance et indice génétique) à une caractérisation fine (composantes de la performance et génomique) ?

Ce projet dirigé par Anne Ricard porte sur la génomique du cheval de CSO et a été financé par le fonds éperon et le conseil scientifique de l’Ifce. Il a pour ambition de génotyper 2 000 jeunes performers grâce aux puces SNP. Ces résultats seront analysés en parallèles des informations objectives collectées sur ces 2000 chevaux (morphométrie, accélérométrie et résultats en compétition). La collecte est orchestrée par Bernard Dumont Saint Priest avec le soutien logistique de 6 agents de l’Ifce. L’objectif est d’aboutir à une caractérisation plus fine du cheval de CSO. Les professionnels disposeront d’informations sur les caractéristiques de morphologie et d’allures ainsi que d’outils plus fiables pour raisonner les accouplements et orienter précocement les chevaux.

Caractérisation par la technique de morphométrie 3D

Caractérisation de la morphologie d’un cheval de sport par la technique de la morphométrie 3D (c) Ifce

Ce projet est financé par :

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Logo ifce-Vertical_Simple_QuadriREC-Logo INRA 2015

Pour en savoir plus, lisez les documents et lettres d’informations ci-dessous :

Vérifier l’effet du gène DMRT3 et trouver les autres marqueurs ADN influençant les performances en course du Trotteur français.

Ce projet mené par Anne Ricard en collaboration étroite avec la SECF a été financé par le fonds éperon et le conseil scientifique de l’Ifce. Suite à la découverte d’un gène majeur (DMRT3) par des scientifiques suédois, un test moléculaire est maintenant commercialisé en France. Ce projet cherche à comprendre plus finement les particularités du trotteur français en lien avec le DMRT3 et d’éventuels autres marqueurs. Le génotypage de 600 trotteurs français ainsi que l’analyse détaillée de leurs allures et des réponses à un questionnaire sur l’entraînement du cheval sont prévus pour mieux comprendre les mécanismes en cause dans la réussite en course.

REC_GenOtrot

crédit photo : J.L.Lamaère/LeTrot

Ce projet est financé par :

Logo Fonds eperon

Logo ifce-Vertical_Simple_QuadriREC-LeTROT_logoREC-Logo INRA 2015

Centres de ressources biologiques pour les animaux domestiques

Logo CRB animCe projet a été financé par l’Agence Nationale pour la Recherche dans le cadre des investissements d’avenir. Il vise à mettre en réseau des Centres de Ressources Biologiques pour les animaux domestiques. Les équidés font partie des 22 espèces impliquées afin de lever les verrous technologiques de la congélation de l’embryon équin et de la semence de baudet. La validation des travaux sur la congélation de l’embryon sont menés par Maud Caillaud de la jumenterie du Pin avant transfert sur le terrain. Il va également permettre d’enrichir les collections dans la Cryobanque équidés afin de disposer d’un réservoir de biodiversité. Ce travail sur les collections est traité par Margot Sabbagh grâce aux outils de gestion de la variabilité génétique développés par l’Ifce/INRA.

Cuve de cryobanque

Cuve de 1000 litres d’azote accueillant la Cryobanque Equidés à la jumenterie du Pin

Ce projet est financé par :

Logo investissement d'avenirLogo ANR

 

 

 

 

 

 




Pour les chevaux de sport et les trotteurs des indices de performance et génétiques sont calculés depuis plus de 30 ans. Pour les poneys et chevaux de courses plates ou d’obstacles (sauf Pur Sang) seuls des indices de performance sont calculés. L’intégralité de ces données est en libre accès sur internet.

Indices de performance

Indices de performance diffusés pour les chevaux de sport

Pour les chevaux Ardennais, Comtois, Cob normand, Anglo-arabe et les poneys Haflinger, des indices génétiques sont calculés pour caractériser le modèle et les allures. Les données valorisées sont celles des pointages collectées lors de rassemblements. Elles sont valorisées dans les catalogues étalons des différentes races concernées.

Indices génétiques

Extrait du catalogue des étalons Ardennais présentant les indices génétiques

Divers outils de gestion de la diversité génétique sont mis à jour annuellement. Ils permettent de connaitre la consanguinité de tous les individus identifiés, leur composition en ancêtres majeurs et leur composition raciale. Ces outils devraient permettre de mieux raisonner les accouplements afin de ne pas réduire la diversité génétique des races. Ces outils sont d’ores et déjà utilisés par les stud-books les plus menacés.

outil agrément d'étalons

Outils utilisés par le Stud-Book Cob normand lors des agréments étalons

D’autre part, un outil de simulation est disponible, il donne le coefficient de consanguinité d’un produit fictif dès lors que l’on a précisé son père et sa mère potentiels.

Exemple de simulation de croisement

Copie d’écran de l’outil « simulation de croisement » disponible sur le site internet de l’IFCE

Ce projet a été financé par :
Logo CASDAR

 

 

 

 

 

 

Pour la génétique diverses étapes sont mises en œuvre. Dans tous les cas, il est indispensable de travailler sur des animaux identifiés et de généalogies connues ; l’ensemble de ces informations sont consolidées dans la base de données SIRE.
Concernant les outils de gestion de la variabilité génétique, ils sont produits grâce aux informations de SIRE, ce travail est réalisé derrière un bureau !
Pour l’indexation et les études génomiques, il est indispensable de disposer d’informations collectées sur le terrain (terrains de concours, de course, rassemblements d’élevage …). Elles doivent être enregistrées avec rigueur et de façon homogène.

Séance de pointage

Séance de pointage sur un cheval de trait

Les calculs se font grâce aux ordinateurs très puissants de l’INRA de Jouy-en-Josas et des échanges ont lieu avec les responsables de stud-books concernés.

L’Ifce fait partie du Groupement d’Intérêt Scientifique (GIS) Cryobanque Nationale créé en 1999. Il est constitué de 12 partenaires dont l’Ifce et regroupe 13 espèces dont les chevaux et les ânes.

Cryobanque

Cuves de 1000 litres d’azote accueillant la Cryobanque Equidés à la jumenterie du Pin

Sa vocation est la conservation des ressources génétiques de ces espèces afin de pérenniser la diversité génétique de nos populations françaises d’animaux domestiques, leur variabilité et leurs éventuelles originalités. Elle peut s’avérer un réservoir très utile en cas de disparition brutale d’une race pour des raisons non maîtrisables (problèmes sanitaires, …)
Pour chaque espèce le matériel génétique est stocké parallèlement sur deux sites géographiquement éloignés afin de réduire les risques. Le site primaire situé à Alfort étant commun à toutes les espèces. Pour les équidés, le site secondaire est confié à l’Ifce, à la jumenterie du Pin (61).
Aujourd’hui, les stocks sont constitués uniquement de paillettes de semences d’étalons et une cuve de 1 000 litres d’azote liquide accueille plus de 7000 doses.

Retrouvez les principaux résultats de ces projets de développement et de recherche, dans lesquels l’Ifce est partie prenante, sous formes de fiches pratiques et de posters « message clés » sur équi-paedia.

équi-paedia    Posters messages clés

Pour en savoir plus sur cette thématique consultez :
– les fiches équipaedia
– le portail documentaire Médiathèque Ifce
– les articles équ’idée

Découvrez également à la librairie :
– l’ouvrage « Amélioration génétique des équidés »
et d’autres produits sur cette thématique